Курс «Математическая физика» читается для всех магистрантов, остальные курсы обязательны только для магистрантов-первокурсников. Помимо курсов, перечисленных ниже, магистранты могут выбрать между курсами «Топология» и «Дополнительные главы геометрии и топологии», которые они изучают вместе со студентами бакалавриата.
История и методология математики II-III модуль
Лектор доц.Н.А.Тюрин
Математические методы естествознания III-IV модуль
Лектор проф. А.В.Маршаков, преподаватель проф. А.В.Забродин
Дополнительные главы алгебры I-IV модуль
Лектор проф.А.Н.Рудаков, преподаватель проф. М.З.Ровинский
Дополнительные главы геометрии и топологии I-IV модуль
Лектор проф.В.А.Васильев, преподаватель доц. Ю.М.Бурман
Basic Algebra (Основы алгебры, курс на английском языке) I-II модуль
Лектор доц. Е.Ю.Смирнов, преподаватель доц. Е.Б.Фейгин
Algebraic Geometry. Start up course (Основы алгебраической геометрии, курс на английском языке) III-IV модуль
Лектор доц. С.М.Львовский
Дополнительные главы математической физики I-III модуль
Лектор проф. А.В.Маршаков, преподаватель проф. А.В.Забродин
Комбинаторика (совместная прграмма с Math in Moscow) III-IV модуль
Лектор доц. Ю.М.Бурман
Математические эксперименты с использованием компьютерных технологий IV модуль
Преподаватель доц.В.А.Кириченко