Студентки факультета математики съездили на школу по биоинформатике

25-30 июля 2016 в пригороде Санкт-Петербурга прошла IV летняя школа по биоинформатике. В этом году  основной темой школы была медицинская биоинформатика. Студентки факультета математики Ася Менделевич, Ольга Пушкарева и Анна Гаврилова приняли в ней участие и поделились своими впечатлениями.

 

Ася Менделевич:

Биоинформатика — относительно молодая наука, и в России пока немного мест, где ей можно было бы поучиться.

И одно из таких мест — это Летняя школа по биоинформатике, четвёртый год подряд проводящаяся Санкт-Петербургским Институтом Биоинформатики.

В школу набирается два потока: биологи/медики и математики/информатики. У каждого из потоков есть свои основные многолекционные тематические занятия. Также расписание изобилует общими одиночными лекциями приглашённых специалистов, среди которых много ведущих учёных.

Расписание на летней школе было очень плотное, она являлась полноценным шестидневным интенсивом. С короткими перерывами, пары шли с 9:30 до 21:00.

В этом году основной темой школы была медицинская биоинформатика, поэтому большинство лекций касались иммунологии и применения биоинформатических методов в клинических целях. Лично для меня особенный интерес составляли именно эти лекции, они радовали плотностью содержания и интересностью изложения. На них можно было узнать как о разработке лекарств и причинах старения, так и о технологиях, применяющихся для поиска первопричин заболеваний или анализа клинических данных.

Даже при такой интенсивности курсов, около половины участников также были заняты в ночной проектной деятельности.

Все желающие погрузиться в биоинформатику и погрызть реальную задачу были заранее разбиты на небольшие группы по 3-8 человек, к каждой группе был приставлен руководитель, и выдано поле для исследований. Условия работы приближались к реальным, так как помощь от руководителей зачастую была минимальна, и команда оставалась с открытой задачей буквально наедине.

Мне очень повезло с командой. Нас было пятеро -- математик, два информатика, медик и биолог, и перед нами была поставлена задача на острие науки: нам предстояло попытаться научиться искать сепарирующие мотивы между репертуарами иммунных рецепторов, имея в качестве данных для обучения CDR-ы трёх пар близнецов. 

Нам не хотелось пропускать дневные лекции, поэтому мы провели много (все пять имеющихся) бессонных ночей, строя, опровергая и подтверждая собственные теории, сочиняя алгоритмы и доказывая их состоятельность, программируя и строя сотни различных графиков -- иными словами, мы пытались подойти к задаче с самых разных сторон. И к концу школы мы достигли результатов, которые помогли нам занять второе место среди всех проектов. 

Мы настолько увлеклись, что не смогли остановиться и даже после школы продолжаем обсуждения внутри команды, поддерживаем связь с руководителем, и не бросаем мысли, что когда-нибудь, может быть, доведём задачу до победного конца.

Для изучения биоинформатики, как и для любой другой профессиональной деятельности, очень важно иметь вокруг правильную среду. Прямое погружение в атмосферу сообщества, знакомство и общение с действующими учёными и яркими студентами, а также получение информации "из первых рук" существенно продвинули меня в этом направлении.

Но особенно полезными оказались проба сил в решении настоящей задачи, опыт "симбиоза" и продуктивной работы с представителями другого мира -- биологами, и наглядное подтверждение важности объединения различных навыков и опыта всех членов команды при решении глобальных биоинформатических задач.

Ольга Пушкарева:

На летней школе мне повезло работать над проектом “Полногеномное и экзомное секвенирование” в команде под руководством Михаила Райко (UCSD). В рамках проекта предлагалось проанализировать данные полногеномного и полноэкзомного секвенирования (WGS&WES) для того, чтобы найти мутации в гене CFTR, которые могут вызывать муковисцидоз. Для решения данной задачи предлагалось использовать Isaac, VCF tools, snpEFF и другие пакеты для анализа вариантов, также мне удалось применить знания, полученные на майноре "Интеллектуальный Анализ Данных", для интерпретации полученных данных. Поскольку наша команда состояла из двух математиков и двух биологов, было очень интересно работать друг с другом, каждый мог поделиться своими знаниями с другими членами команды и научиться чему-то новому.

Летняя школа рассчитана на новичков в биоинформатике, при этом за 5 дней каждый участник получает возможность погрузиться с головой в изучение новой области знаний - принять участие в проектах, семинарах, не только слушать лекции от ведущих учёных, занимающихся биоинформатикой, но и общаться с ними в свободное время. Не стоит бояться заниматься биоинформатикой, если вы думаете, что не сильны биологии, ведь сейчас биоинформатика развивается очень бурно и, на данный момент, недостаточно специалистов для анализа имеющихся данных, именно поэтому спрос на математиков и программистов в этой области высок.

 

 

Анна Гаврилова:

Школа биоинформатики, которая проходила этим летом в пригороде Санкт-Петербурга в загородном клубе "Аврора", помогает студентам в выборе направления для будущей специализации. Будущие биологи, медики, информатики  и математики из разных городов собрались на 5 дней вместе, чтобы узнать о современных достижениях в иммунологии, фармакологии и многом другом. Для того, чтобы попасть в эту летнюю Школу, необходимо было заполнить анкету, в которой рассказать о себе и о том, почему я решила заняться данной проблемой. В Школе мы имели возможность слушать лекции ведущих специалистов в данном направлении, работающих в разных странах (Америке, Эстонии и др.). На занятиях я поняла, что мне не хватает базовых знаний по биологии, основам иммунологии, поэтому не все лекции и доклады были полностью понятны. Я бы посоветовала будущим участникам этой Школы заранее подготовиться к ней. Тем не менее, многочисленные лекции и семинары были очень интересными, на высоком научном уровне, прекрасно представлены. Я с удовольствием познакомилась со студентами других вузов, неформальное общение позволяло продолжить обсуждение научных тем и после лекций. Беседы с преподавателями помогли сформировать свое мнение о биоинформатике, которой я очень заинтересовалась. А замечательная погода, красивая природа вокруг помогли сделать пятидневное пребывание в летней Школе биоинформатики незабываемым!